A Seychelle-szigetek sokszínű élővilágára nem volt jótékony hatással az emberi beavatkozás, hasonlóan más parányi ökorendszerekhez. Ennek tudható be, hogy a legtöbb óriásteknős eltűnt a gránitszigetekről, a part menti és alacsonyhegyi erdők kopárabbá váltak, és kihalt számos őshonos faj, mint például a seychelle-i törpepapagáj vagy a sósvízi krokodil. Mindent összevetve azonban a kihalások száma kevésbé lesújtó, mint például Mauritiuson vagy Hawaiion, mivel csak az 1770-es évek óta lakják. A seychelle-i növény- és állatvilág védelme számos sikert könyvelhet el.
Vitatják ugyan, de az első természettanulmányt a Marion Dufresne expedíció készítette 1768-ban, két évvel a letelepedés hivatalos dátuma előtt. Dufresne a La Digue nevű hajó kapitányát, Duchemint bízta meg, hogy „gondos figyelmet fordítson a szigeteken található élővilág minden fajának tanulmányozására, mint például a fákra, bokrokra, növényekre, gyógynövényekre, a négylábú állatokra, madarakra, rovarokra, édesvízi halakra és a kőzetekre, talajfélékre, valamint az ásványi anyagokra. Minden fontos. Nem kerülheti el, hogy mindenről leírást ad és részletekkel lát el – mindent érdemes megvizsgálni.” Az ő megfigyeléseik érdekes kaleidoszkópon keresztül mutatják be Seychelle-szigetek ember előtti állapotát.
A letelepedést követően, 1822-ben készítette el Fairfax Moresby a szigetek első tudományos vízrajzi tanulmányát. A XIX. századi korai természetgyűjtők közül Pervillé, Wright és Mobius munkássága figyelemre méltó. Az első fontos madárgyűjteményt Newton hozta létre 1865-ben, majd őt követte Lantz 1877-ben. Mindketten a gránit szigeteken dolgoztak. Abbot az 1890-es években a gránit szigeteken gyűjtött, majd 1893-ban az Aldabra-atollon folytatta. Voeltzkow is általános természettudományi gyűjteményt hozott létre az Aldabra-atollról származó anyagból.
Coppinger 1882-ben vizsgálódásai alapján gazdag gyűjteményt állított össze. 1905-ben a Sealark fedélzetén indított Percy Sladen Expedíció arról nevezetes, hogy Gardiner a gránit- és külső szigetekről összegyűjtött átfogó anyaga tartalmazza néhány sziget máig egyetlen leletét. Az 1950-es évekig a gyűjtő-rendszerező tevékenység többnyire seychelle-i lakók nevéhez fűződik: Dupont, Thomasset, Baty és Vesey Fitzgerald. Óceánkutatók is figyelmük középpontjába állították a Seychelle-szigeteket: Smith 1950-ben jelentős tengeri hal kutatásokat végzett, Jacques-Yves Cousteau nevezetes hajójával a Calypsoval 1954-ben járt a területen. Legrand az 1950-es években pikkelyesszárnyú lepkéket gyűjtött, míg a Bristoli Egyetem expedíciója 1964-65-ben madarakat és rovarokat vizsgált.
1966-tól az Aldabra-atoll megismerésében a Royal Society szerepe legendás, de a korallzátonyról a kutatómunkák ma már a Seychelle-szigetek Alapítvány (Seychelles Islands Foundation) felügyelete alatt működik. A BirdLife International átfogó kutatásokat végzett a Cousin-szigeten. Az 1980-as és 90-es években számos jelentés és cikk jelent meg az Aride-szigeten zajló kutatásokról, amelyeket először a Royal Society of Wildlife Trusts, majd egy helyi non-profit szervezet, a Island Conservation Society folytatott és amelyekről 1987-től kezdődően éves jelentést publikálnak. Az 1990-es évektől folytatódik a Seychelle-szigetek széleskörű tudományos vizsgálata, amelynek eredményeit Nature Protection Trust of Seychelles kiadásában a Phelsuma folyóirat oldalain teszik közzé
Seychelle-i bülbül (Hypsipetes crassirostris)
Annak ellenére, hogy a természetvédelmi törvények jelentős hányada az angol gyarmatosítási időkből származik, a seychelle-i kormány éveken át szigorú védelem alá helyezte a szigetek természeti örökségét. A seychelle-i kormány a BirdLife Internationallal, a Royal Society-vel, az Island Conservation Society-vel, a Nature Seychelles-vel, és a Fregat valamint Denis szigetekkel együttműködve látványosan megvédett két zászlóshajó-fajt a kihalás veszélyétől, nevezetesen a seychelle-i szarkarigó és a seychelle-i poszátát. Az eredetileg csak egy szigeten honos madarakat a többi szigetre is beköltöztették. A Seychelle-szigeteken 12 őshonos madárfaj él: aldabrai drongó (Dicrurus aldabranus), seychelle-i paradicsom-légykapó (Terpsihone corvina) seychelle-i fodi (Foudia seychellarum), seychelle-i füleskuvik (Otus insularis), seychelle-i pápaszemesmadár (Zosterops modestus), seychelle-i sarlósfecske (Aerodramus elaphrus), seychelle-i vércse (Falco area), seychelle-i gyümölcsgalamb (Alectroenas pulcherrima), seychelle-i szarkarigó (Copsychus seychellarum), seychelle-i poszáta (Bebrornis sechellensis), seychelle-i nektármadár (Cinnyris dussumieri) valamint a seychelle-i bülbül (Hypsipetes crassirostris). Szintén endemikus faj volt a már kihalt aldabrai poszáta, mely az Aldabra-atoll malabár szigetén egy kis területen volt honos. Az Aldabra-atoll szigetein és az Assumtion-szigeten honos a fehértorkú guvat (Dryolimnas cuvieri) két endemikus alfaja, melyek egyes szakértők szerint a hosszú elszigetelődés miatt önálló fajoknak is tekinthetők. Ezek az aldabrai-guvat (Dryolimnas cuvieri aldabranus), mely az Indiai-óceán szigetein egykor gyakori röpképtelen fajok utolsó élő képviselője, a másik pedig az Assumption-szigeti guvat (Dryolimnas cuvieri abbotti), mely az Assumption-szigeten élt és a 20. század első évtizedei során halt ki.
A Seychelle-szigetek két csoportja az UNESCO világörökség része, és a Seychelle-szigetek Alapítvány gondozza őket. Egyik az Aldabra-atoll, ami a világ legnagyobb atollja, a másik a Valée de Mai Praslin szigetén, amit földi édenkertnek hívnak.
A seychelle-i gránitszigeteken található közel 75 endemikus növényfajt további 25 aldabrai faj egészíti ki. Különösen jól ismert a Coco-de-Mer, a tengeri pálma gyümölcse, amit csak Praslin szigetén vagy a szomszédos Curieuse-ön lehet látni – szuggesztív formája miatt szerelemgyümölcsnek is hívják. A Coco-de-Mer a világ legnagyobb magja. A medúzafát is csak néhány helyen fedezheti fel az idelátogató, mivel ez a különös és ősi növény ellenállt minden szaporítási kísérletnek. Egyedi növényként ismerik még az Aride-sziget természetvédelmi övezetében található Wrights gardéniát. Silhouette és Mahé szigetének magasan fekvő részein kancsókát (rovarevő növény) is lehet találni, amely a környező fákra és bokrokra csavarodik vagy a földön burjánzik.
Az aldabrai óriásteknősök számos szigetet népesítenek be; legnagyobb populációjuk az Aldabra-szigeten található. Ezek a különleges hüllők több állatkertben is megtekinthetők.
A tenger felszíne alatti világ elkápráztató, különösen a távolabb fekvő, nagyobb nyugalomnak örvendő szigetek közelében. Több, mint 1000 halfajt osztályoztak. Az 1960-as években a helyi természetvédők erőfeszítéseinek köszönhetően betiltották a szigonypuska és a dinamit használatát a halászathoz, ezért a tengeri élőlények bántatlanul közel kerülhetnek a búvárokhoz. 1998-ban a korall-fehéredés sújtott számos szigetet, de sok helyen beindult a természet önregeneráló folyamata és sikerült elejét venni a pusztító jelenségnek. 1994-ben a teknősök kiemelését is betiltották, aminek következtében az érintett populációk fokozatosan erősödnek a védett szigeteken, mint például Cousin-en, Aride-on, Silhouette-en vagy Aldabrán. Sajnálatos módon a nem védett területeken élők rizikócsoportnak számítanak. A cápahalászathoz használatos eresztőhálót és a cápauszony-vadászatot betiltották
