Kelet-afrikai és arab kereskedők valószínűleg ismerték a lakatlan Seychelle-szigeteket, de a portugál felfedező, Vasco da Gama nevéhez köthető az első partraszállás 1502-ben. Az első hiteles feljegyzéseket a Kelet-indiai Társaság Ascension hajójának legénysége rögzítette 1609-ben. Mivel a szigetek az Afrika és Ázsia közötti kereskedelmi útvonal mentén helyezkedtek el, gyakran fordultak meg kalózok is a parton. 1756-ban a franciák vették az ellenőrzésük alá a területet. Erről Nicholas Morphey kapitány helyezett el emléktáblát. A szigetcsoport Vicomte des Séchelles-ről kapta a nevét, aki XV. Lajos pénzügyminisztere volt.
A gyarmatosítás csak 1768-ban kezdődött, amikor egy huszonkét fős francia csapat horgonyzott le rabszolgákkal a fedélzetén. Egyre több európai nemzet próbált hasznot húzni az indiai és ázsiai kereskedelemből és növekedni kezdett azoknak a tengerészeknek is a száma, akik rövid pihenőt tartottak a szigeteken, hogy feltöltsék hajóikat. 1793 és 1813 között a franciák és az angolok harcoltak a szigetek ellenőrzéséért.
Az 1814-ben Párizsban aláírt békeszerződés alapján a Seychelle-szigetek és Mauritius brit fennhatóság alá került, és ezáltal a szigeteket Mauritiusból kormányozták. Amikor a britek kihirdették, hogy a Birodalomban betiltják a rabszolgatartást, akkor a franciák, akik továbbra is kereskedtek rabszolgákkal áthelyezték bázisaikat Afrikába és más országokba. A rabszolgatartás megszűntével felszabadult rabszolgák ezrei érkeztek a Seychelle-szigetekre. Az ültetvényeken indiai munkaerőt is igénybe vettek, miközben számos üzlet kínai bevándorlók kezébe került.
1872-ben a politikai autonómia növelésére létrehozták a kormányzó tanácsot majd 1888-ban a törvényhozó és végrehajtó tanácsot. 1903. augusztus 31-én a Seychelle-szigetek brit koronagyarmat státuszt kapott, így már nem Mauritiusból igazgatták.
1948-ban tartották az első választást: a Törvényhozó Tanács négy tagját választották meg. 1967-ben fogadták el az új alkotmányt, amely a kormányzó és a kormányzó tanács kezébe adta a hatalmat. Az első, általános választójog alapján tartott parlamenti választás 1967-ben volt. Az alkotmány 1970 márciusában elfogadott módosításai növelték biztosítottak a szigetcsoport autonómiáját.
A Seychelle-i Köztársaság 1976. június 29-én, 12 óra 5 perckor vált a Brit Nemzetközösség független köztársaságává. James Richard Marie Mancham, a konzervatív Seychelle-i Demokratikus Párt elnöke ülhetett a köztársasági elnöki székbe, de egy év múlva egy puccs miatt száműzetésbe vonult és France-Albert René lett az új elnök. René felfüggesztette az alkotmányt, feloszlatta a törvényhozást és önkényuralmat vezetett be. 1979-ben – amikor a Seychelle Köztársaság a marxista politika felé sodródott – az alkotmányba foglalták az egypártrendszer létrehozását. 1981-ben ötven Dél-Afrikában toborzott zsoldos elfoglalta a repülőteret Mahéban, hogy megpróbálja Manchamot visszajuttatni a hatalomba, de a seychelle-i hadsereg ezt megakadályozta. Tanzániai csapatok is segédkeztek a rend visszaállításában és 1984 végéig az országban maradtak. 1984 júniusában Renét ellenszavazat nélkül ismét elnökké választották. 1991-ben a demokratizálódást sürgető erők nyomására, René beleegyezett a választási rendszer reformjába. 1992-ben többpárti választást tartottak, és sokan remélték, hogy René és Mancham támogatói megbékélnek egymással. Sokan visszatért a száműzetésből, így maga Mancham is. 1993-ban a szavazók 73%-a elfogadta a többpártrendszer működését lehetővé tevő alkotmányt
